Рустам Константинович Агишев родился 26 июня 1913 года в селе Старо-Тимошкино Симбирской губернии (ныне - Ульяновская область), в семье служащего суконной фабрики.
В 1921 году семья переехала в Среднюю Азию, где он окончил школу, а затем непродолжительное время работал инспектором сберкассы.
С 1932 года работал журналистом в Узбекистане, Казахстане, а с 1936 года - в Комсомольске-на-Амуре, где работал корреспондентом городской газеты "Амурский ударник" и был активным членом литературного объединения при газете.
В годы Великой Отечественной войны работал военным журналистом, сотрудничал в армейской и фронтовой печати. В 1942 году вступил в КПСС. Начав войну рядовым, окончил её в звании капитана. Награждён орденом Красной Звезды и медалями.
После войны работал в газете Забайкальско-Амурского военного округа. Был ответственным секретарем журнала "Дальний Восток".
Член Союза писателей СССР с 1954 года. Много ездил по Приамурью и Приморью, побывал на Камчатке и Сахалине, что дало ему материал для множества очерков, статей, литературных и театральных рецензий. Последние годы жизни провёл в городе Калинине.
Жена - Серафима Клавдиевна Плисецкая. Дочь - Лилиана Проскурина, жена писателя П. Л. Проскурина, российская журналистка.
Первое произведение - повесть "Дед Пермяк" (1940) о молодых строителях Комсомольска-на-Амуре и жизни старого амурского садовода.
В 1947 году была опубликована повесть "Оуэнга", посвящённая жизни нанайского народа.
Роман "Зеленая книга" (1954) вновь повествует о садоводстве, описывая деятельность мичуринцев Дальнего Востока.
Рустам Константинович - автор пьесы "Северная легенда" (в соавторстве с С. Плисецкой), книг очерков: "В долине Буреи" (1950), "Неутомимый искатель" (1951), "Создатель дальневосточных яблонь" (1951) и т. д.
Роман "Луна в ущельях" (1967) посвящен труду и подвигам советских геологов, истории открытия и промышленного освоения богатого месторождения фосфоритов на Дальнем Востоке.
Любителям фантастики известен также своим единственным фантастическим рассказом "Руэлла" (1963; в дополненном виде 1968).
В 1968 - 1973 годах Рустам Константинович Агишев проживал в городе Орле.
В последние годы жил в городе Калинине (ныне Тверь), работал над новым романом "Естествоиспытатели".
Рустам Константинович Агишев умер 13 августа 1976 года.